A linha de pesquisa do Laboratório de Estudos Subterrâneos é a Espeleobiologia ou Biologia Subterrânea. As cavernas funcionam como janelas ao meio hipógeo e assim possibilitam o acesso à parte da Biodiversidade Subterrânea. Realizamos pesquisas nas áreas de biodiversidade e conservação, ecologia de populações, comportamento e sistemática de táxons subterrâneos.

O contexto dos estudos é ecológico-evolutivo, focando a biologia comparada e buscando detectar especializações relacionadas ao isolamento no meio hipógeo. No contexto ecológico, buscamos mapear a biodiversidade subterrânea brasileira, identificando e interpretando a ocorrência de hot-spots de biodiversidade, além de investigar os possíveis fatores históricos que moldam a composição dessas comunidades. Temos uma interface com especialistas de diversas áreas da Zoologia, principalmente a Sistemática, área fundamental em estudos com este foco.

Os resultados vêm sendo divulgados em periódicos especializados, indexados e arbitrados, em revistas de divulgação, em livros e capítulos de livros, em reuniões científicas, nacionais e internacionais, e em palestras e cursos. A constante interação com órgãos governamentais ambientais visa a elaboração de políticas para proteção do patrimônio espeleológico brasileiro. Parte dos resultados dos projetos são aplicados em Planos de Manejo Espeleológico e na criação de Unidades de Conservação no território nacional.